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[Linux操作系统]openSUSE系统中LAMMPS的详细配置指南|opensuse配置网络,openSUSE LAMMPS 配置,手把手教你openSUSE系统中LAMMPS的完整配置与网络设置攻略

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本文详细介绍如何在openSUSE系统中配置LAMMPS,包括openSUSE的网络设置以及LAMMPS的具体安装和配置步骤,旨在帮助用户顺利在openSUSE环境下使用LAMMPS进行物理模拟。

本文目录导读:

  1. 安装依赖
  2. 下载LAMMPS源代码
  3. 解压源代码
  4. 编译LAMMPS
  5. 配置LAMMPS
  6. 测试LAMMPS
  7. 使用LAMMPS进行分子动力学模拟

在科学计算领域,LAMMPS(Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator)是一款强大的分子动力学模拟软件,本文将为您详细介绍如何在openSUSE系统中安装和配置LAMMPS,帮助您顺利完成分子动力学模拟任务。

安装依赖

在安装LAMMPS之前,首先需要确保您的openSUSE系统已安装以下依赖:

1、GCC编译器:LAMMPS需要使用GCC编译器进行编译,建议安装最新版本的GCC。

2、Make工具:用于编译LAMMPS源代码。

3、Python:LAMMPS的部分功能需要用到Python,建议安装Python 3.x版本。

您可以使用以下命令安装这些依赖:

sudo zypper install gcc make python3

下载LAMMPS源代码

访问LAMMPS官方网站(https://lammps.sandia.gov/)下载最新版本的LAMMPS源代码,将下载的源代码文件(lammps-2021-11-10.tar.gz)移动到您的openSUSE系统中。

解压源代码

在终端中,切换到源代码文件所在目录,使用以下命令解压:

tar -zxvf lammps-2021-11-10.tar.gz

解压后,会生成一个名为“lammps-2021-11-10”的文件夹。

编译LAMMPS

进入解压后的文件夹,执行以下命令编译LAMMPS:

cd lammps-2021-11-10
make yes-all
make

编译过程可能需要一段时间,请耐心等待。

配置LAMMPS

编译完成后,进入src目录,创建一个名为“lammps”的软链接,指向lammps可执行文件:

cd src
ln -s lmp_2021-11-10 lammps

配置LAMMPS的环境变量,在终端中输入以下命令,打开bash配置文件:

nano ~/.bashrc

在文件末尾添加以下内容:

export PATH=$PATH:/path/to/lammps-2021-11-10/src
export LAMMPS_SRC=/path/to/lammps-2021-11-10/src

/path/to/lammps-2021-11-10/src为LAMMPS源代码目录的绝对路径,保存并退出文件。

测试LAMMPS

在终端中输入以下命令,测试LAMMPS是否安装成功:

lammps -echo log

如果返回以下信息,则表示LAMMPS安装成功:

LAMMPS (11 Nov 2021)

使用LAMMPS进行分子动力学模拟

您已经成功安装和配置了LAMMPS,可以开始进行分子动力学模拟了,以下是一个简单的示例:

1、创建一个名为“in.lj”的输入文件,内容如下:

3d Lennard-Jones melt
units		metal
dimension	3
atom_style	atom
boundary	p p p
neighbor	2.0 bin
neigh_modify	one 5000
region		box block 0 10 0 10 0 10
create_box	1 box
create_atoms	1 box
mass		1 1.0
velocity	all create 1.44 87287 loop molecular
pair_style	lj/cut 2.5
pair_coeff	1 1 1.0 1.0 2.5
thermo		100
dump		id atom 100 dump.id
run		1000

2、在终端中输入以下命令运行模拟:

lammps -in in.lj

LAMMPS将开始运行分子动力学模拟,模拟过程中会生成名为“dump.id”的日志文件。

至此,您已经学会了在openSUSE系统中安装和配置LAMMPS,并使用它进行分子动力学模拟,希望这篇文章对您有所帮助。

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