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本文详细介绍如何在openSUSE系统中配置LAMMPS,包括openSUSE的网络设置以及LAMMPS的具体安装和配置步骤,旨在帮助用户顺利在openSUSE环境下使用LAMMPS进行物理模拟。
本文目录导读:
在科学计算领域,LAMMPS(Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator)是一款强大的分子动力学模拟软件,本文将为您详细介绍如何在openSUSE系统中安装和配置LAMMPS,帮助您顺利完成分子动力学模拟任务。
安装依赖
在安装LAMMPS之前,首先需要确保您的openSUSE系统已安装以下依赖:
1、GCC编译器:LAMMPS需要使用GCC编译器进行编译,建议安装最新版本的GCC。
2、Make工具:用于编译LAMMPS源代码。
3、Python:LAMMPS的部分功能需要用到Python,建议安装Python 3.x版本。
您可以使用以下命令安装这些依赖:
sudo zypper install gcc make python3
下载LAMMPS源代码
访问LAMMPS官方网站(https://lammps.sandia.gov/)下载最新版本的LAMMPS源代码,将下载的源代码文件(lammps-2021-11-10.tar.gz)移动到您的openSUSE系统中。
解压源代码
在终端中,切换到源代码文件所在目录,使用以下命令解压:
tar -zxvf lammps-2021-11-10.tar.gz
解压后,会生成一个名为“lammps-2021-11-10”的文件夹。
编译LAMMPS
进入解压后的文件夹,执行以下命令编译LAMMPS:
cd lammps-2021-11-10 make yes-all make
编译过程可能需要一段时间,请耐心等待。
配置LAMMPS
编译完成后,进入src目录,创建一个名为“lammps”的软链接,指向lammps可执行文件:
cd src ln -s lmp_2021-11-10 lammps
配置LAMMPS的环境变量,在终端中输入以下命令,打开bash配置文件:
nano ~/.bashrc
在文件末尾添加以下内容:
export PATH=$PATH:/path/to/lammps-2021-11-10/src export LAMMPS_SRC=/path/to/lammps-2021-11-10/src
/path/to/lammps-2021-11-10/src为LAMMPS源代码目录的绝对路径,保存并退出文件。
测试LAMMPS
在终端中输入以下命令,测试LAMMPS是否安装成功:
lammps -echo log
如果返回以下信息,则表示LAMMPS安装成功:
LAMMPS (11 Nov 2021)
使用LAMMPS进行分子动力学模拟
您已经成功安装和配置了LAMMPS,可以开始进行分子动力学模拟了,以下是一个简单的示例:
1、创建一个名为“in.lj”的输入文件,内容如下:
3d Lennard-Jones melt units metal dimension 3 atom_style atom boundary p p p neighbor 2.0 bin neigh_modify one 5000 region box block 0 10 0 10 0 10 create_box 1 box create_atoms 1 box mass 1 1.0 velocity all create 1.44 87287 loop molecular pair_style lj/cut 2.5 pair_coeff 1 1 1.0 1.0 2.5 thermo 100 dump id atom 100 dump.id run 1000
2、在终端中输入以下命令运行模拟:
lammps -in in.lj
LAMMPS将开始运行分子动力学模拟,模拟过程中会生成名为“dump.id”的日志文件。
至此,您已经学会了在openSUSE系统中安装和配置LAMMPS,并使用它进行分子动力学模拟,希望这篇文章对您有所帮助。
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配置指南:配置详解
openSUSE LAMMPS 配置:opensuse i3wm